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李庆伟团队解析雷氏叉牙七鳃鳗(Lethenteron reissneri)染色体级别参考基因组图谱

时间:2021-05-24   作者: 浏览次数:

2020年10月14日,辽宁师范大学七鳃鳗研究中心与西北工业大学生态与环境保护研究中心合作,在《Molecular Ecology Resources》在线发表了题为《Chromosome-level genome assembly of Lethenteron reissneri provides insights into lamprey evolution》的研究成果。此项研究利用多种最新的高通量测序技术平台,成功组装了1.06 Gb的雷氏叉牙七鳃鳗基因组,并将所有scaffold锚定在了72条染色体上,获得了圆口纲第一个高精度的染色体级别的基因组图谱,为深刻揭示七鳃鳗独特的生物学特性和适应性进化特征提供了宝贵的遗传资源。
 
七鳃鳗作为最原始的无颌类脊椎动物,具有独特的进化地位,是联系无脊椎动物和有颌类脊椎动物之间的桥梁。雷氏叉牙七鳃鳗,主要分布在我国东北、日本北部、朝鲜北部及俄罗斯远东地区;终生栖息在淡水中,幼体经变态后直接进入繁殖期,无寄生营养期。我们利用其精巢DNA,基于PacBio、Illumina、Hi-C等高通量测序平台,突破了高GC、高重复率、高杂合度等大型基因组组装的技术难点,成功构建了雷氏叉牙七鳃鳗的高精度基因组,并最终挂载了72条染色体,装配率高达90.29%,N50为13.23 Mb,得到圆口纲首个染色体级别具有最长N50的七鳃鳗基因组。